Nachdem er mit Hilfe der Feen seinen Vater befreit hat, will Artemis Fowl sich an seinen letzten großen Coup wagen. Auf Basis der Feentechnologie hat er einen winzigen Supercomputer entwickelt, wie ihn die Welt noch nicht gesehen hat. In einem Londoner Restaurant trifft er sich mit dem Industriellen Jon Spiro. Als Artemis ihm seinen Supercomputer zeigt, will er diesen natürlich sofort kaufen. Doch Artemis hat andere Pläne. Er will eine Tonne Gold und dafür im Gegenzug mit der Markteinführung seines Computers ein Jahr warten, so dass Spiro noch seine Bestände verkaufen kann. Dieser ist gar nicht erfreut über den Erpressungsversuch und lässt seinen Bodyguard auf Artemis und Butler los, während er selber den Computer stielt. Es stellt sich heraus, dass alle im Restaurant Anwesenden für Spiro arbeiten. Beim daraufhin ausbrechenden Kampf fängt Butler eine Kugel ab, die für Artemis bestimmt war und erliegt seinen Verletzungen.

Artemis will sich mit dem Tod seines Freundes nicht abfinden und legt Butler auf Eis. Er hofft, dass die niedrige Temperatur den Zellverfall lange genug aufhält, damit er Hilfe holen kann. Durch einen Anruf bringt er sich selbst ins Visier der Feenpolizei. Glücklicherweise ist es Holly Short, die den Ursprung des Anrufs untersucht. Butler hat ihr bereits mehrfach das Leben gerettet und so kann Artemis sie überzeugen, ihn mit ihrer Magie zu heilen. Die Prozedur ist langwierig und kostet Butler fünfzehn Jahre seiner Lebenskraft, doch letztendlich erlangt er wieder das Bewusstsein. Für baldige Einsätze ist er allerdings nicht geeignet. Er braucht erst einmal viel Erholung. Doch diese Zeit haben Artemis und Holly nicht, denn der gestohlener Supercomputer enthält Informationen über das Feenvolk, die auf keinen Fall in Jon Spiros Hände gelangen dürfen. Zur Verstärkung ruft Artemis Butlers jüngere Schwester Juliet. Die Feenpolizei gibt ihnen nur 48 Stunden Zeit, um das Problem zu lösen. Außerdem kündigen sie an, ihm anschließend jegliches Wissen über die Feen aus seinen Erinnerungen zu entfernen, damit er keine Gefahr mehr für sie darstellt. Nun muss Artemis sich einen Plan von bisher nie dagewesener Komplexität ausdenken, um Jon Spiro aufs Kreuz zu legen und das nachdem er Artemis bei ihrer ersten Begegnung so leicht ausgetrickst hat.

Die Zusammenarbeit zwischen Holly, Artemis und ihren Freunden Butler, Juliet und Mulch erreicht in The Eternity Code / Der Geheimcode einen neuen Höhepunkt. Am Ende ist Holly sehr traurig darüber, durch die Gedächtnislöschung ihre neuen Freunde zu verlieren. Außerdem befürchtet sie, dass Artemis zu seinem alten, rücksichtslosen Selbst zurückkehrt, wenn ihm die Erinnerungen an ihre gemeinsamen Abenteuer fehlen. So wie dieses aufregende, das stets mit neuen Überraschungen und Gefahren aufwarten kann und bei dem jeder kleine Fehler das Ende bedeuten kann. Der dritte Band der Artemis Fowl-Reihe erschient 2013 auch als Graphic Novel *.