Secret Histories enthält die Kurzgeschichten The Search for Sam, The Last Days of Lorien und The Forgotten Ones und jeweils das erste Kapitel aus The Fall of Five, Six's Legacy / Das Vermächtnis von Nummer Sechs, Nine's Legacy und The Fallen Legacies.

In der ersten Geschichte stellt sich der abtrünnige Mogadori Adamus seiner Familie, in der Hoffnung, die Erinnerung an Nummer Eins in seinem Kopf zu retten, die inzwischen zu seiner einzigen Freundin geworden ist. Sie hingegen versucht Adamus dazu zu bewegen, aktiv den Kampf an der Seite der Überlebenden von Lorien aufzunehmen.

Anschließend erfährt man etwas über die Jugend von Sandor, dem Beschützer von Nummer Neun, und seinem Leben auf Lorien. Dieser war ein rebellischer Jugendlicher, der eigentlich gar nicht zu einem Beschützer auserkoren war. Bei der Invasion der Mogadori jedoch, ist es er, der Nummer Neun findet und noch rechtzeitig zum Evakuationsschiff bringen kann.

Die dritte Geschichte beginnt, wo die erste geendet hat. Erneut begleitet der Leser Adamus. Er hat den Einsturz der Militärbasis überlebt und einen Mogadori gefangen. Außerdem hat sich ihm ein gestaltenwandelndes Haustier von Lorien angeschlossen. Von seinem Gefangenen erfährt er, dass noch mehr der Tiere von den Mogadori eingesperrt wurden. Die Tiere könnten sich als wertvolle Verbündete an der Seite der Überlebenden von Lorien herausstellen. Daher beschließt Adamus, sie zu befreien.