Nachdem die Hauptcharaktere in The Fate of Ten nach New York aufgebrochen sind, um die Mogadori zu bekämpfen, bleibt Sams Vater Malcom im ehemaligen Mogadori-Hauptquartier zurück und versucht an hilfreiche Informationen aus deren Computern zu gelangen. Dies stellt sich als sehr frustrierende Aufgabe heraus, denn viele der Informationen sind in Mogadori gespeichert oder nichts Neues. Doch dann entdeckt ein F.B.I.-Agent ein aktuelles Video, dass Zakos zeigt. Malcom ging davon aus, dass der grausame Mogadori-Wissenschaftler ums Leben gekommen sei, doch scheinbar ist er entkommen und arbeitet an einer wichtigen Geheimwaffe. Bevor er sich näher mit dem Video beschäftigen kann, beginnt die Schlacht um New York und alle Menschen versammeln sich um die Fernseher.

Kurze Zeit später trifft ein Militärhubschrauber ein. Man will Malcom zum Präsidenten bringen, damit dieser ihn mit allen Informationen über die Mogadori und ihre Invasion versorgen kann. So ganz traut Malcom den Leuten nicht, doch als drei Mogadori-Schiffe das Gebäude angreifen, bleibt ihm keine andere Wahl, als in den Hubschrauber zu steigen.

Die Handlung von Last Defense findet parallel zu der von The Fate of Ten statt. In der Geschichte erfährt man ein wenig darüber, wie die amerikanische Staatsführung mit der Invasion umgeht und wie der Präsident reagiert, als er erfährt, dass seine eigene Tochter plötzlich über lorische Kräfte verfügt.