Icherios Ceihn ist sich unsicher, wie er sich beim Gedanken an seinen neuen Auftrag fühlen soll. Die Kanzlei zur Inspektion unnatürlicher Begebenheiten schickt ihn nach Heidelberg zu einem Medizinstudium. Damit erfüllt sich endlich sein seit seiner Kindheit gehegter Traum. Doch gleichzeitig soll er auch die Augen aufhalten, denn in Heidelberg verschwinden Leute spurlos und Anselm von Freyberg, der Chronist der Kanzlei in Karlsruhe, traut seinen Kollegen in Heidelberg nicht. Zudem deutet er an, dass Icherios mysteriöse Vergangenheit etwas mit dem Fall zu tun haben könnte. Diese wagen Andeutungen gefallen dem jungen Ermittler überhaupt nicht, da er das Gefühl hat, dass man ihm wieder etwas Wichtiges verheimlicht.

Nachdem er die Fahrt mit der Geisterkutsche nach Heidelberg überstanden hat, muss Icherios feststellen, dass das Medizinstudium so gar nicht seinen Erwartungen entspricht. In den meisten seiner Unterrichtsstunden liest ein Jesuit aus veralteten Büchern vor. Die Studenten haben diese Texte mitzuschreiben und Wort für Wort auswendig zu lernen. Kritik an diesen Vorlesungsmethoden macht Icherios bei seinen Professoren schnell unpopulär, bei seinen Mitstudenten kommt er damit jedoch gut an. Schon bald verbringt der die Abende mit ihnen in den Kneipen von Heidelberg. Dabei wird er jedoch immer tiefer in ein Netz von Geheimnissen, übernatürlichen Morden und Verrat hineingezogen.

Der Krähenturm wird nicht nur aus der Perspektive von Icherios geschrieben. Während er in Heidelberg nach Spuren sucht, ist auch der Hexenjäger Silas unterwegs, der seinen verschwundenen Bruder finden will und sich dazu als Priester ausgibt. Auch Carissima, die Vampirin aus Dornfelde, die Icherios bei seinem letzten Abenteuer kennengelernt hat, kommt in die Stadt, um ihn wiederzusehen. Er ist sich seiner Gefühle ihr gegenüber noch immer im Unklaren, während sie ihn am liebsten ebenfalls in einen Vampir verwandeln würde.

Durch die verschiedenen Charaktere und Handlungsstränge, die sich nach und nach immer weiter miteinander verweben, kommt Abwechslung in die Geschichte. Das Buch beginnt etwas langsam, da es eine Weile dauert, bis Icherios auf die ersten ungewöhnlichen Vorfälle trifft. Danach wird es jedoch spannend und der Leser wird zusammen mit Icherios in immer mehr Geheimnisse eingeweiht.