Up in Smoke setzt direkt am Ende von Into the Fire an. Nummer Sechs erwacht ohne ihre Kräfte in der Human Garde Academy. Vom Arzt, der ihr und den anderen Jugendlichen die Kräfte genommen hat und der nun in einer Zelle in der Akademie sitzt, erfahren sie, dass der Effekt auf dem schwarzen Schleim der Mogadori basiert und mit der Zeit wieder nachlässt.

Sam findet sich unterdessen auf einem Schiff wieder und muss ebenfalls feststellen, dass ihm seine Kräfte genommen wurden. Der Auftraggeber seiner Entführer steht kurz vor dem Nervenzusammenbruch. Das Serum, dass auch ihm Kräfte geben sollte, stellt merkwürdige Dinge mit seinem Kopf an. Jedoch glaubt er, dass Sam ihm helfen kann. Dazu soll er seziert werden. Glücklicherweise haben einige der Jugendlichen an Bord des Schiffes noch ihre Kräfte und können Sam befreien. Jetzt kommt es zum Kampf zwischen ihnen und denjenigen, die noch loyal ihren Entführern gegenüber sind.

Sechs, Neun und Nemo konnten inzwischen Sams Aufenthaltsort ermitteln und planen ihren eigenen Angriff auf das Schiff, um ihn und die Jugendlichen zu befreien.

Wie schon die vorherige Geschichte ist Up in Smoke actionlastiger als der Beginn der Legacy Chronicles-Reihe, als die Charaktere noch nach und nach langsam eingeführt werden mussten. Das Ende weckt das Interesse an weiteren Fortsetzungen mit Sechs und Sam und an der Haupthandlung in Fugitive Six.

Up in Smoke ist auch in Trial by Fire enthalten.