Nachdem Nummer Sechs, Sam und Nemo sich von der Human Garde Academy und den Regierungsorganisationen, die sie belogen haben, losgesagt haben, suchen sie nach einer Möglichkeit, Nemos Freundin Ghost zu finden und zu retten. Noch fehlt ihnen eine konkrete Spur. Sie hoffen, dass ihnen Max weiterhelfen kann. In dem Moment, in dem sie über Max sprechen, schreibt dieser Nemo eine Nachricht. Ghost hat ihn kontaktiert und will sich mit ihm treffen. Die Drei eilen zu Max, der sich zusammen mit Seamus aus der Human Garde Academy heraus geschlichen hat.

Zusammen fahren sie zum von Ghost vorgeschlagenen Treffpunkt in einem Einkaufszentrum. Max soll erst einmal alleine vorgehen, um Ghost nicht zu verschrecken. Sam und Nummer Sechs wollen den Jungen dabei im Auge behalten. Doch statt Ghost taucht plötzlich der Teleporter Scotty auf und entführt Max.

Die Mogadori sind zurück und nach kurzer Zeit befinden sich die Helden in deren Gefangenschaft. Ihre neuen Gegner verfolgen einen großen Plan, um ihre Niederlage gegen die Menschheit wieder gut zu machen und dazu brauchen sie die Jugendlichen mit ihren Kräften.

Die Geschichte endet mit einem Cliffhanger und wird in Raising Monsters fortgesetzt.

Chasing Ghosts ist auch in Out of the Shadows enthalten.