Indiana Jones befindet sich mit seinem Freund Mac bei einer Ausgrabung im Dschungel der Yucatán-Halbinsel als ihr Camp während eines Sturms überfallen wird. Das Team wird ermordet und Indy und Mac werden entführt. Unter Drogen gesetzt verschleppt man sie nach Nevada in den Hangar 51 einer Militärbasis mitten in der Wüste. Seine russischen Kidnapper wollen, dass Indy eine bestimmte Kiste mit mumifizierten Überresten im geheimen Lagerhaus der U.S. Regierung aufspürt und bedrohen dazu Macs Leben. Indy spürt die Kiste auf. Der Kristallschädel im Inneren lenkt seine Aufpasser kurz ab und Indy versucht zu fliehen. Dabei muss er jedoch feststellen, dass ihn Mac verraten hat. Nach einigem Gerangel gelingt Indy die Flucht, doch auch die Russen können fliehen, bevor das U.S. Militär eintrifft und nehmen dabei den Inhalt der Kiste mit. Für das F.B.I. ist Indy nun eine verdächtige Person, was dazu führt, dass er seinen Job an der Universität verliert.

Niedergeschlagen beschließt Indy, sich ein neues Leben aufzubauen. Er packt seinen Koffer und besteigt den nächsten Zug. Da taucht plötzlich ein junger Mann auf einem Motorrad auf dem Bahngleis auf und ruft ihm zu, dass sein ehemaliger Studienkollege Harold Oxley entführt wurde. Indy verlässt den Zug und hört sich an, was der Teenager ihm zu erzählen hat. Der Junge heißt Mutt Williams und hat einen Brief von seiner ebenfalls entführten Mutter erhalten. Oxley hat einen Kristallschädel gefunden, den die Entführer haben wollen. Kaum hat Mutt den Brief ausgepackt, werden sie von russischen Agenten angegriffen, die das Schriftstück haben wollen. Nachdem sie diesen entkommen sind, kann Indy die Hinweise entschlüsseln und zusammen machen sich die Beiden auf nach Peru.

Das Buch zum Film ist in diesem Fall ausnahmsweise mal besser als die Filmvorlage. Einige Zusammenhänge und Übergänge sind besser und ausführlicher erklärt. Die emotionalen Entwicklungen wirken nicht so übers Knie gebrochen. Hauptsächlich wird aus Indys Sicht erzählt, doch es gibt viele Perspektivenwechsel, so dass vor allem auch Mutts Eindrücke geschildert werden und auch ihre Gegenspieler kommen an die Reihe.