Gunnery Sergeant Roberta Draper, Bobby, vom Martian Marine Corp ist derzeit auf Jupiters größtem Mond Ganymed damit beschäftigt, Gewächshäuser zu bewachen. Ihre ehemaligen Verbündeten von den UN Truppen der Erde sind seit den Vorfällen auf Eros nun ihre potentiellen Feinde, doch noch herrscht nur ein kalter Krieg. Dies ändert sich, als Bobby mit ihrer Gruppe zur Basis zurückkehrt. Eine kleine Einheit der UN Truppen stürmt gerade auf sie zu und jegliche Kommunikation ist ausgefallen. Erst im letzten Moment bemerken die marsianischen Soldaten, dass die UN Truppen nicht auf sie zu, sondern vor etwas wegrennen. Ein humanoides Monster ohne Raumanzug verfolgt die Soldaten und reißt sie ohne sichtbare Kraftanstrengung in Stücke. Kugeln gehen einfach durch das Monster hindurch und nichts scheint es aufhalten zu können. Als wäre das noch nicht schlimm genug, führen die Feuergefechte auf dem Mond dazu, dass sich die Armeen von Mars und Erde auch im Weltraum bekriegen.

Der Biologe Prax Meng, der auf Ganymed neue Arten von Sojabohnen züchtet, muss sein Gewächshaus fluchtartig verlassen, als die Gefechte im All einen der Sonnenspiegel, der seine Pflanzen mit dem lebensnotwendigen Licht versorgt, von einem Treffer aus seiner Umlaufbahn geschleudert wird und auf das Biodome herabstürzt. In den Gängen unter der Eisoberfläche des Trabanten versucht er nun seine Tochter zu finden. Mühsam schlägt er sich durch die Ebenen der Forschungseinrichtung durch, in der inzwischen ebenfalls der bewaffnete Konflikt tobt. Als er endlich den Kindergarten erreicht, teilt ihm die panische Angestellte mit, dass seine Tochter bereits Stunden zuvor von ihrer Mutter und einem Arzt abgeholt wurde. Prax kann das nicht begreifen. Seine von ihm geschiedene Frau lebt auf einem anderen Himmelskörper und kann es nicht gewesen sein. In den nächsten Tagen stellt sich heraus, dass nicht nur sein Kind verschwunden ist, doch niemand kann oder will ihm bei seiner verzweifelten Suche weiterhelfen.

Kapitän Jim Holden wird mit seiner Crew von der OPA undercover nach Ganymed geschickt, um der Ursache für die plötzlichen Kämpfe zwischen Erde und Mars auf den Grund zu gehen. Vor Ort trifft er auf viele hungernde Flüchtlinge und auf Prax Meng, der ihn erkennt und um Hilfe bittet. Jim päppelt den schwachen Mann auf und hilft ihm bei der Suche nach seiner Tochter.

Auf der Erde beobachtet man die Situation auf Ganymed ganz genau, aber auch die Venus bereitet den Politikern, allen voran Chrisjen Avasarala, Sorgen. Seit der außerirdische Supervirus dort abgestürzt ist, verändert sich die Planetenoberfläche unentwegt. In dem Moment als das Monster auf Ganymed angriff, konnten die Wissenschaftler auf der Venus ebenfalls eine Reaktion beobachten. Jetzt ist man auf der Suche nach den Verantwortlichen und beginnt erste Schlichtungsgespräche mit den Marsianern.

Die Geschichte von Caliban's War / Calibans Krieg wird abwechselnd aus der Perspektive der vier Charaktere Bobby, Prax, Holden und Avasarala erzählt. Jeder von ihnen hat eine eigene Art zu denken, die den Leser immer tiefer in die individuelle Vergangenheit der Erzähler führt. Prax beispielsweise bemerkt immer zuerst die Pflanzen in seiner Umgebung und nebenbei analysiert biologische Vorgänge. Holden hingegen hat die Begegnung mit Miller im vorherigen Band nachhaltig geprägt. Einige Wesenszüge des Ermittlers sind auf den Kapitän übergegangen und er versucht sich wieder von diesen zu distanzieren.

Wie schon der erste Band der Reihe erzählt Caliban's War / Calibans Krieg eine äußerst spannende Geschichte und vermischt dabei erneut die Genres. Im Vordergrund steht dabei vor allem die menschliche Perspektive. Während Leviathan Wakes / Leviathan erwacht eher ein Noir-Mystery war, spielt in Caliban's War / Calibans Krieg die Politik eine viel größere Rolle.