Der Planet Styx treibt einsam durchs All. Keine Sonne wärmt seine eisige Oberfläche. Doch zehn Kilometer unter dem Eis gibt es einen dunklen Ozean, in dem sich Leben gebildet hat. Die Menschen haben den Planeten mit seinen zwei Monden entdeckt und kolonialisiert, um seine Bodenschätze abzubauen. Fünfundvierzig Jahre später stellt die planetare Direktorin Avea Zaruner einen Antrag auf Mitgliedschaft in der Liga Freier Terraner. Perry Rhodan bittet den Unternehmer Viccor Bughassidow, der damals den Planeten aufgespürt hat, dorthin zurückzukehren und angebliche Probleme mit der Infrastruktur zu überprüfen.

Auf Styx lebt auch Rhekla mit ihrem Vater Bruhn. Zusammen züchten sie Kristalle auf dem Meeresgrund, die dann zu Energie- und Informationsspeichern verarbeitet werden. Hierbei hilft ihnen ein illegales Wachstumsmittel namens X-Grow, das einfach alles schneller wachsen lassen kann. Isob Jester baut das Wundermittel in ungeheuren Tiefen ab und schmuggelt es zu Farmern wie Bruhn. Ungeduldig wartet Bruhn auf die aktuelle Lieferung. Der Kapitän des U-Boots, das die wertvolle Fracht an Bord hat, hat sich noch nicht gemeldet. Unerwartet macht da jedoch der Annäherungssensor der Farm auf sich aufmerksam und zeigt das U-Boot an. Es steuert direkt auf das große Panoramafenster zu, hinter dem Bruhn steht. Er wird panisch, als der Kapitän auf keinen seiner Funksprüche reagiert und nicht abbremst. Das U-Boot kracht durch die Scheibe und Bruhn kann sich nur mit Hilfe seiner genetisch modifizierten Tochter gerade so in Sicherheit bringen.

Isob Jester persönlich schaut nach dem Vorfall bei Bruhn vorbei und lässt dessen Farm wiederherrichten. Spuren, was das unerklärliche Verhalten seines Kapitäns ausgelöst haben könnte, findet er jedoch nicht. Auch die geplante Abstimmung zum Beitritt zur Liga Freier Terraner beschäftigt Jester, denn ein positiver Ausgang könnte ein Ende seiner illegalen Geschäfte auf Styx bedeuten. Während der Debatte zu dem Thema, bei der auch Viccor anwesend ist, dreht Bruhn im Publikum plötzlich durch. Es kommt zu einer Explosion, bei der der Farmer ums Leben kommt. In kürzester Zeit kommt es zu weiteren Anschlägen und Selbstmorden auf dem dunklen Planeten. Der Wahnsinn verbreitet sich wie eine Krankheit.

Robert Corvus greift in Schwarze Frucht einige bekannte Charaktere aus dem Perry Rhodan-Universum auf und entwickelt deren Geschichte weiter. Wie bei seinen anderen Science Fiction-Büchern spielen philosophische und politische Aspekte wieder eine große Rolle. Während Viccor sich auf Spurensuche begibt und dabei die Geheimnisse uralter Kulturen aufdeckt, erforscht der Roman die Aspekte von Gemeinschaft und Individualität im Kleinen und im Großen. Debatten, mysteriöse Alienartefakte in den Tiefen der Meere, unbekannte Lebensformen und actionreiche Blastergefechte verweben sich hierbei zu einem unterhaltsamen und spannenden Abenteuer.